Un médecin peut demander un examen du système gastro-intestinal inférieur pour des ulcères, des tumeurs bénignes (des polypes, par exemple), un cancer, ou des signes de certaines autres maladies intestinales. L’examen est souvent effectué chez des personnes qui souffrent de diarrhée chronique, de constipation, de côlon irritable, qui ont du sang dans leurs selles, qui ont perdu du poids sans raison apparente, dont les habitudes d’élimination ont changé ou encore quand on veut détecter la source d’une perte de sang. Les images de l’intestin et du côlon sont aussi utilisées pour diagnostiquer les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, un groupe de maladies qui comprennent la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique.